A有限责任公司由两位自然人持股，主要资产是一幢不动产，现在计划分立。在条件都符合59号文的情况下，被分立公司企业所得税适用特殊性税务处理。

那么问题来了：自然人持股公司适用特殊性税务处理吗？自然人股东应该在分立后视同分配或清算而缴纳股息红利个人所得税吗？

企业分立，可以视为被分立企业将需要分立的资产以减资的形式分配给现有股东，股东再用分得的资产注册设立一家新企业。

重组交易中，股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人。当事各方中的自然人应按个人所得税的相关规定进行税务处理。在存在自然人股东的情况下，并不影响被分立企业适用企业所得税特殊性税务处理。

假设按照该分离资产的计税基础X作价分配给现存自然人股东，自然人股东持有被分立企业减资部分对应的股权的计税基础Y，如果X＞Y，差额按照股权转让所得由自然人股东缴纳20%的个人所得税。

自然人股东按照计税基础X取得减资分配的资产后，再按照公司法规定的评估值Z出资设立分立企业，Z大于X的部分属于非货币性资产出资发生的增值，需要缴纳个人所得税，但可以按规定适用分期纳税。

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